Evaluación por secuenciamiento de próxima generación de Closterovirus spp. relacionadas con el síndrome del decaimiento y muerte de Neltuma spp. en el norte del Perú

Abstract

El algarrobo (Neltuma pallida) constituye un componente ecológico y socioeconómico clave de los bosques secos del norte del Perú; sin embargo, desde inicios del siglo XXI se ha registrado un síndrome progresivo de decaimiento y mortalidad cuya etiología no ha sido esclarecida. La presente investigación tuvo como objetivo evaluar la posible asociación de Closterovirus spp. con dicho síndrome mediante enfoques moleculares y biológicos complementarios, con énfasis en el uso del secuenciamiento de próxima generación. Se realizó la caracterización sintomatológica de árboles sanos y afectados en bosques de Piura, seguida de la extracción y evaluación de la calidad del ARN total a partir de cambium y hojas. El ARN del cambium presentó mejores indicadores de pureza e integridad, por lo que fue priorizado para el análisis transcriptómico. El RNA-Seq, realizado en plataforma Illumina, no evidenció la presencia de virus episomales activos; en cambio, se identificaron secuencias asociadas a virus endógenos (rhabdovirus y pararetrovirus) y mitovirus relacionados con regiones del genoma mitocondrial de N. pallida. Los análisis metatranscriptómicos y taxonómicos tampoco revelaron lecturas virales, aunque se observó una mayor carga microbiana en muestras provenientes de árboles severamente afectados. La detección mediante RT-PCR permitió amplificar el gen de la proteína de la cápside del virus de la tristeza de los cítricos (CTV), los productos obtenidos evidenciaron una baja relación viral cercanas al 96%. Finalmente, las pruebas de indexado biológico no demostraron transmisión de la enfermedad. En conjunto, los resultados indican que el síndrome de decaimiento del algarrobo no estaría asociado a infecciones virales activas detectables por RNA-Seq, y resaltan la importancia de integrar metodologías dirigidas y no dirigidas para el diagnóstico de enfermedades forestales complejas.