Análisis Metagenomico comparativa de las comunidades fungicas y bacterianas asociadas al proceso de desarrollo de las enfermedades del tronco de la vid (Vitis vinifera L.) en Piura, e identificación de hongos por espectrometria de masas MALDI-TOF/TOF SHOTGUN PROTEOMICS

Abstract

Las enfermedades del tronco de la vid (GTD: Grapevine Trunk Diseases) son serios problemas para la industria del vino y la uva de mesa a nivel mundial. Las GTD han sido asociadas a una larga lista de hongos patógenos por ser los responsables de la necrosis del sistema vascular de la vid. Sin embargo, el proceso del desarrollo necrótico en los tejidos de la madera aún permanece poco claro, con recientes investigaciones sugiriendo la participación de algunas bacterias en la patogénesis mientras que otras podrían prevenir la necrosis. El Perú es el tercer exportador mundial de uva de mesa, siendo el departamento de Piura una de las principales zonas de producción. Las GTD han sido progresivamente detectadas en los viñedos piuranos mediante el análisis de síntomas y micología clásica. En este estudio, enfoques metagenómicos ha sido aplicados para caracterizar las comunidades fúngicas y bacterianas, a partir de plantas de vid sanas y enfermas. Hongos y bacterias fueron aislados e identificados molecularmente basados en la secuenciación parcial del ADNr. Además, aislamientos fúngicos fueron caracterizados e identificados mediante espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF de tipo shotgun proteomics. La diversidad fúngica reveló 433 OTUs, con Aspergillus y Cladosporium como los más representativos en plantas sanas, mientras Peniophora, Lasiodiplodia, Alternaria y Fusarium estuvieron presentes en plantas enfermas. El análisis de las comunidades bacterianas reveló 512 OTUs con Proteus, Bacillus, Staphylococcus y Enterococcus como los más representativos en plantas sanas, mientras que Pseudomonas y Curtobacterium fueron marcadores en plantas enfermas. Espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF shotgun proteomics fue usada satisfactoriamente para la identificación de Lasiodiplodia theobromae, Diplodia spp., Neofusicoccum parvum, Macrophomina phaseolina y Phaeoacremonium minimun. Una cepa de Bacillus sp. M1, aislada de la corteza interna, ha sido usada satisfactoriamente in vitro como un antagonista nativo de L. theobromae, uno de los principales patógenos relacionado a las GTD en Piura.